Balıkesir Müftülüğünün kuruluşu Cumhuriyet Öncesi ve Sonrası olarak iki bölümde ele alınabilir.Bursa’dan Hasan Babanın Kepsut’dan Pir Alinin şehre gelişleri toprakları gibi insanlarının'da bereketli olduğunun işareti. Bu geliş Yanında gidişi de alarak yetişen elemanlar her sahada Balıkesir’in sesini duyurur.
     İl Müftülüğü de bu sesin halkalarından biridir.ve İlk tanıma şerefine nail olduğumuz İl Müftüsü Ali Şuri Efendi dir.(1850-1865)Ali Şuri Efendiden sonra gelen Müftünün kim olduğu tespit edilemedi.

       Bundan sonra Ali şuri Efendinin damadı Ağabeyzade Hacı Süleymen efendi (1865-1899),bunu takiben Osman Nuri Efendi(1899-1911) Arkasında Kodanazzade Hacı Ahmet Efendi (1912-1918) ve daha sonra Yırcalı zade İbrahim Sadık Efendi iki dönemi birleştiren köprü niteliğinde görev yaptı. cumhuriyetin ikinci Müftüsü ise Nennicizade Abdullah Esat Efendi (1923-1931)olup arkasından Çıkrıkçızade İbrahim Naci Efendi (1932-1952) gelmekte Hocamız Müftülük Hizmetlerini Haci Ali (Belediye) Camii nin yanındaki küçük binada yürütmüştür.

     Bu bilinen ilk Müftülük binasıdır. Halen bu bina Kültür Müdürlüğünce kullanılmaktadır. Ancak her geçen gün gelişme gösteren  teşkilatımıza birkaç odalı daireler yeterli gelmediğinden Müstakil bina yapımına karar verilmiş ve halen içinde hizmet verdiğimiz 338 m alana oturan 5 katlı Müftülük sitesi imar edilmiştir. Ayrıca İlimizdeki Kütüphaneyi halkımızın istifadesine sunmak ve her konuda büyük fedakarlıklarla çalışan Din Görevlilerine tahsis edilmek üzere İl Müftülüğümüzün Karşısındaki arsaya ek bina yapılmıştır. (1992-2002) yılları arasında İlimizde Müftü olarak görev yapan Mustafa KUTLU tayin edildikten sonra İlimiz Müftülüğünde 15.09.2003 tarihinden itibaren Müftülük görevine atanan Necdet ÇETİN halen görevini sürdürmektedir.